瑞士聯邦現有12所公立大學，分布在德語區、法語區和意大利語區。其中包括2所獨立大學組成的瑞士聯邦理工學院，分別是德語區的蘇黎世聯邦理工學院和法語區的洛桑聯邦理工學院，以及分布在瑞士前5大城市的5所綜合性大學，4所專業性大學和1所意大利語區大學。除此之外，教育部還承認瑞士9所高等專業學院、5所聯邦研究所和3所獨立學院和1所私立院校。

瑞士大學的傳統學制為5年，醫學專業6年，頒發大學畢業文憑（Diploma，Lizenziat），獲得大學畢業文憑的學生可以攻讀博士學位。聯邦高等專業學院系由多個獨立學院組成的院校聯合體，學制因專業而異，一般為2至4年。此類學院無博士學位授予權。

瑞士于1999年開始進行博洛尼亞宣言（Bologna Declaration）改革，逐步實施歐洲統一的3—5—8文憑制度，即3年獲學士、5年獲碩士、8年獲博士。

教育部承認的瑞士高等院校包括12所公立大學、9所高等專業學院、5所聯邦研究所和3所獨立學院，1所私立院校，共30所瑞士高等院校。

德語區

1. 蘇黎世聯邦理工學院：與洛桑聯邦理工學院組成瑞士聯邦理工學院，位于瑞士及瑞士德語區第一大城市蘇黎世。

2. 蘇黎世大學：位于瑞士及瑞士德語區第一大城市蘇黎世，是瑞士綜合性大學中的最高學府。

3. 巴塞爾大學：成立于1460年，為瑞士第一所大學。位于瑞士第三大城市、德語區第二大城市巴塞爾。

4. 伯爾尼大學：位于瑞士德語區第三大城市、全國第四大城市及首都伯爾尼，大學及城市以德語為主，也使用法語。起源于16世紀早期瑞士宗教改革時期建立的清教神學院。

5. 盧塞恩大學：位于瑞士德語區第四大城市及全國第六大城市盧塞恩，大學以社會科學研究為主，下轄神學院、人文社科學院和法學院三個學院。

6. 圣加侖大學：成立于1898年5月25日，主要專業為現代經濟、金融、管理、法律、商業及社會科學。位于瑞士第八大、德語區第五大城市圣加侖。

法語區

1. 洛桑聯邦理工學院：與蘇黎世聯邦理工學院組成瑞士聯邦理工學院，位于瑞士法語區第二大城市、全國第五大城市洛桑。

2. 日內瓦大學：位于瑞士法語區最大城市、瑞士第二大城市日內瓦，是僅次于蘇黎世大學的綜合性研究型公立大學。前身是1559年約翰·加爾文建立的日內瓦學院，修辭學、辯證法、希伯來語和古典希臘語等學科著名，設有日內瓦高級翻譯學院(ETI）。

3. 洛桑大學：位于瑞士法語區第二大城市、全國第五大城市洛桑。

4. 弗里堡大學：位于法語區和德語區交界處，屬于天主教區，與首都伯爾尼大學和法語區紐沙泰爾大學組成瑞士中部大學聯合體（BENEFRI）共同實施授課及科研。弗里堡大學使用法、德雙語進行學術和行政活動，學生可得到單語或雙語文憑。

5. 紐沙泰爾大學：位于法語區腹地，其法蘭西語言文學系聞名，生物研究及顯微技術也很強勢。

意大利語區

1. 提契諾大學：又稱瑞士意大利大學（Università della Svizzera italiana）或盧加諾大學 [4]  ，為瑞士意大利語區唯一公立大學，創建于1996年。位于瑞士意大利語區第一大城市、全國第七大城市盧加諾。