查理大學現開設以下兩類課程：

　　1.學士課程：包括實習在內為期3至4年的學習，屆時將舉行畢業考試及論文答辯。畢業生將被授予學士學位(Bc.)或文科學士學位(BcA)。本科課程專業有：

　　藝術專業；醫學：第一醫學系（從事普通醫學研究），第二醫學系（從事日常醫學領域研究），第三醫學系（側重于方向性和預防醫學）；教育學；社會科學；自然科學；數學和物理學；體育運動教育；人文科學。

　　2.碩士課程：為期4到6年。碩士課程也可以是學士課程繼續讀2到3年，屆時將舉行畢業考試及論文答辯。在此基礎上，普通醫學、獸醫學和衛生學須通過博士的PHD考試。碩士課程專業有：

　　法律；藝術；醫學；制藥學；教育學；社會科學；自然科學；數學和物理學；體育運動教育；人文科學。 英語授課專業有：

　　神學、普通醫學、牙醫、藥學、自然科學、數學與物理、教育學、社會科學（如經濟學）、體育、經濟學研究。